吳先生（化名）在市場開一家商號賣水產，中區國稅局查定他三個月的營業額是18萬元，這樣的查定營業額數字已持續三年沒變。最近，國稅局查吳先生的金流，發現入帳的貨款一年上億元，原來，吳先生不只是零售，還做批發。國稅局一次補徵吳先生的四年的個人綜合所得稅，補稅金額逾500萬元。
吳先生這樣算是短報營業額，隨之短報營利所得，不過，財政部對吳先生這種小規模營業人有特別對待，根據民國80年所發的台財稅第800760267號函，只補稅，不罰款。
中區國稅局表示，吳先生每一年都有申報綜所稅，他按照查定的營業額申報營利所得。是這麼報的：三個月的查定營業額是18萬元，一年四季合計營業額是72萬元。因為一年營業額在3,000萬元以下，按照財政部頒布的行業純益率3%計算所得，72萬元×3%=2萬1,600元。吳先生在106年到109年連續四年，都申報自己一年賣水產品賺2萬1,600元。
官員說，吳先生去查調所得，查調出來的數字就是上述申報的數字。吳先生被調整所得時還很驚訝，自認為已依法申報。
中區國稅局最近查到好幾件類似吳先生的個案，賣的都是生鮮農、林、漁、牧產物，產地直接到貨，未經加工。大多數個案甚至認為自己做這行是不必繳稅的，相對的，吳先生還每年報稅，對稅法算是有所認知的。
店家老闆誤以為自己免綜所稅的原因，國稅局可以理解。官員說，營業稅法第8條規定免徵營業稅的貨物和勞務，第19款明列「飼料及未經加工之生鮮農、林、漁、牧產物、副產物」。所以，吳先生是免辦稅籍登記的。
官員說：「營業稅是免的，但綜所稅沒有免。」而綜所稅是按「實際的營業額」課徵。只是因為店家不開發票，國稅局較難掌握其資料。
吳先生是被國稅局發現他往來的金流頗大，查核之後才知道，吳先生收來的貨款，都以現金方式存入商號及他的銀行帳戶，吳先生是商號的負責人，獨資開設。國稅局從帳戶金流中扣除不屬於貨款的部分，計算下來，吳先生一年實際的營業額上億元。
營業額在3,000萬元以上，適用同業利潤率。官員說，水產零售的同業利潤率近幾年都沒有變，一直維持5%的水準。
1億元×5%＝500萬元
吳先生一年的營利所得至少500萬元。已經適用最高一級的綜所稅稅率40%。一年補稅金額逾百萬元。四年合計一次補稅逾500萬元。